Pour comprendre, il faut suivre schématiquement le parcours dans l’organisme d’un antibiotique à large spectre, c'est-à-dire capable de tuer un grand nombre de bactéries différentes. Prenons par exemple l’amoxicilline. Lorsqu’on donne à un enfant cet antibiotique (généralement sous la forme d’un liquide rose) il est absorbé par l’intestin avant d’entrer dans le système sanguin. Il est ensuite acheminé vers tous les tissus, détruisant les bactéries partout sur son passage. Cela signifie qu’il élimine les bactéries pathogènes mais aussi celles qui sont bénéfiques à l’organisme, comme celles du microbiote intestinal. Autrement dit, on utilise un bombardement massif là où une frappe au laser paraissait bien plus appropriée. Mais le principal problème est ailleurs. Cette dose d’amoxicilline peut suffire à tuer toutes les bactéries pathogènes rencontrées, mais il arrive parfois que sur une population d’un million, un individu présente une petite variation génétique (une malformation aberrante par exemple) qui le rend résistant à l’amoxicilline. Ce n’est pas l’antibiotique qui a favorisé cette mutation : l’individu a muté totalement par hasard, et il se trouve que cette mutation empêche l’antibiotique d’agir efficacement contre lui. Seulement voilà, quand les 999 999 bactéries ont été éliminées et qu’il ne reste que le seul mutant, celui-ci a la voie libre pour se multiplier massivement. Tous ses descendants auront alors la propriété d’être plus résistant à l’antibiotique. Il suffit ensuite que cette bactérie « plus forte » soit transmise lors d’un éternuement et le cycle peut se reproduire. Jusqu’à former une souche totalement résistante à l’antibiotique.