L'intolérance au gluten peut, évoluer vers d’autres pathologies si un régime sans gluten n'est pas entrepris. Les complications les plus fréquentes sont :

-des carences en vitamines, minéraux, et lipides dues à une malabsorption intestinale.

-de l’ostéoporose

-de l’anémie

-une intolérance au lactose

-de la lithiase urinaire

-un lymphome intestinal