الناتوموباتولوجي أو الفحص النسيجي l’anatomopathologie:
يعتقد الفحص النسيجي الطريقة الأكثر استعمالا في بلدنا. انه يعتمد على كثافة البكتيريا و عددها و حجمها و طريقة التلوين méthode de coloration بالإضافة لخبرة الطبيب الذي يشرف على الفحص النسيجي l’anatomopathologiste . تمتاز هاته الطريقة بتقييم اصابات بطانة المعدة مثل التهاب المعدة الجاستريت و النحافة atrophie و الميتبلازي المعوية métaplasie intestinale و ظاهرة الديسبلازي dysplasie
. لا يتيح عرض الالتهاب التحدث عن عدوى نشيطة بدون العثور على الهيليكوباكتير بيلوري و بالمقابل ان عدم وجود الالتهاب على مستوى النواة chorion يشير لعدم وجود العدوى.
ان كثافة البكتيريا متنوعة ، و قابلة للتغيير تحت علاج سالف ، بواسطة المضادات الحيوية و عقاقير ا ب ب . و يتطلب ذلك انجاز جزيئات متعددة قصد اثبات وجود العدوى. يتطلب تشخيص العدوى و الاصابات النسيجية أخذ 5 جزيئات على الأقل : 1 على مستوى زاوية القوس الصغير و 2 على مستوى جسد المعدة 
le corps gastrique ( القوسين الصغير و الكبير) ثم 2 على مستوى مدخل المعدة ، l’antre gastrique( القوسين الأصغر و الأكبر). و في الواقع ان انجاز الخز عات على مستوى المعدة يرفع من حساسية الكشف بالنسبة لأخذ خزعة منفردة من مدخل المعدة خاصة لدى المصابين الخاضعين للعلاج بواسطة عقاقير ا ب ب